Il existe différentes instances décisionnaires auxquelles participent les membres élus de l'APE :

• Le conseil d'administration (CA)
  
• Le conseil de discipline
• La commission éducative
• La commission d’éducation à la santé, à la citoyenneté et au développement durable (CESCDD)
• La commission hygiène, sécurité et condition de travail (CHSCT)